John Williams telah dicalonkan untuk 51 Anugerah Akademi, memenangi 5; 6 Anugerah Emmy, memenangi 3; 25 Anugerah Golden Globe, memenangi 4; 67 Anugerah Grammy, memenangi 23; dan telah menerima 7 Anugerah Filem Akademi British. Dengan 51 pencalonan Oscar, Williams kini memegang rekod untuk pencalonan paling Oscar untuk orang yang hidup,[10][11] dan merupakan orang yang kedua paling dicalonkan dalam sejarah Anugerah Akademi di belakang Walt Disney 59. Empat puluh enam pencalonan Oscar Williams adalah untuk Skor Asal Terbaik dan lima untuk Lagu Asal Terbaik. Beliau memenangi empat Oscar untuk Skor Asal Terbaik dan satu untuk Skor Terbaik: Adaptasi dan Skor Lagu Asal (Fiddler on the Roof).

Pada tahun 1980, Williams menerima Doktor Kehormat Muzik dari Berklee College of Music.[12]

Williams telah dimasukkan ke dalam American Classical Music Hall of Fame dan  Hollywood Bowl Hall of Fame. Williams dihormati dengan anugerah Richard Kirk tahunan pada Anugerah Filem dan TV BMI 1999, mengiktiraf sumbangan beliau dalam filem dan televisyen.[13] Pada tahun 2004, beliau menerima Kepujian Pusat Kennedy. Beliau memenangi Anugerah Brit Classic pada tahun 2005 untuk kerja soundtracknya pada tahun sebelumnya.

Paling utama, Williams telah memenangi Anugerah Grammy untuk Komposisi Instrumental Terbaik untuk skornya Star Wars, Close Encounters of the Third Kind, Superman, The Empire Strikes Back, E.T. the Extra-Terrestrial, Angela's Ashes, Munich, Indiana Jones and the Kingdom of the Crystal Skull, dan The Book Thief. Pertandingan ini termasuk bukan sahaja komposer skor filem, tetapi juga komposer muzik instrumental mana-mana genre, termasuk komposer tambang klasik seperti simfoni dan ruang muzik.

Williams menerima ijazah Doktor Kehormat Muzik dari Kolej Boston pada tahun 1993[14] dan dari Universiti Harvard pada 2017.[15]

Pada tahun 2003, Jawatankuasa Olimpik Antarabangsa memberikan Williams kehormatan individu tertinggi, Perintah Olimpik.[16]

Pada tahun 2009, Williams menerima Pingat Seni Kebangsaan di White House di Washington DC kerana pencapaiannya dalam muzik simfoni untuk filem, dan "sebagai komposer dan konduktor terkemuka yang [skor] telah menentukan dan menginspirasikan filem moden untuk dekad."[17]

Williams telah dijadikan saudara kehormat Kappa Kappa Psi di Universiti Boston pada akhir 1980-an.[18] Pada 2013, Williams telah dianugerahkan dengan Anugerah Pencapaian Sepanjang Hayat Ken Burns.[19]